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O Náutico enfrentou o Atlético Goianiense 14 vezes segundo o acervo do Timbucast, de 1986 a 2026.

Em 14 partidas de placar conhecido, foram 6 vitórias, 3 empates e 5 derrotas, com 14 gols marcados e 16 sofridos.

O primeiro encontro registrado foi em 24 de setembro de 1986, 1×0 pelo Brasileiro-Copa Brasil. O mais recente foi , 1×1. A maior diferença do confronto é o 0×3, em 2 de julho de 2016.

Quem mais marcou contra o Atlético Goianiense foi Rony, com 2 gols.

A década de mais encontros foi a de 2010, com 8 partidas.

Os confrontos se deram em: Brasileirão – Série B (10), Brasileiro (2), Brasileiro-Módulo Amarelo (1), Brasileiro-Copa Brasil (1).